不動産担保ローンで比べられるのは、たいてい金利です。しかし実際に手元へ残る金額を左右するのは、契約時に一度だけ出ていく諸費用のほうです。そのうち登録免許税と印紙税は法律で決まっていて、どの金融機関で借りても同じです。3,000万円を借りるなら、この2つだけで14万円。金額が読めるぶん、先に押さえておけば見積書の妥当性を判断できます。この記事では、条文と国税庁の一覧表から計算方法を確認します。
先に結論
- 抵当権の設定登記の登録免許税は債権金額の千分の四(0.4%)。登録免許税法の別表で決まっている。
- 住宅ローンで見かける0.1%は住宅取得資金だけの軽減税率。事業資金や生活資金の借入には使えない。
- 金銭消費貸借契約書の印紙税は契約金額の階級で決まる。1,000万円までは1万円、それを超えると2万円。
- 複数の不動産をまとめて担保に入れると、2件目以降は1件1,500円で済む場合がある。
- 完済して抵当権を抹消するときにも、不動産1個につき1,000円がかかる。
登録免許税は債権金額の0.4%

根拠は登録免許税法の別表第一、不動産の登記の第一号(五)です。条文は「先取特権の保存、質権若しくは抵当権の設定、強制競売、担保不動産競売……その他権利の処分の制限の登記」について、課税標準を「債権金額、極度金額又は不動産工事費用の予算金額」、税率を「千分の四」と定めています。
読み方は単純です。借りる金額(債権金額)に0.4%を掛ける。根抵当権を設定する場合は、債権金額ではなく極度金額が課税標準になります。極度金額は実際の借入残高より大きく設定されるのが普通なので、根抵当権のほうが登録免許税は高くつきます。根抵当権の仕組みは根抵当権とは?抵当権との違いを極度額・債権の範囲・元本確定で理解するにまとめています。
| 債権金額(または極度金額) | 税率 | 登録免許税 |
|---|---|---|
| 500万円 | 千分の四(0.4%) | 2万円 |
| 1,000万円 | 4万円 | |
| 3,000万円 | 12万円 | |
| 5,000万円 | 20万円 | |
| 1億円 | 40万円 |
0.1%という数字を見たときの注意

住宅ローンの解説記事では、抵当権設定の登録免許税を0.1%として計算しているものがあります。これは租税特別措置法第75条による軽減税率で、国税庁の税額表には「住宅取得資金の貸付け等に係る抵当権の設定登記(措法75)」として次のように書かれています。
「個人が、令和9年3月31日までの間に住宅用家屋の新築(増築を含む。)または住宅用家屋の取得をし、自己の居住の用に供した場合において、これらの住宅用家屋の新築または取得をするための資金の貸付け等に係る抵当権の設定登記」——税率は1,000分の1。
さらに注意書きとして「床面積が50平方メートル以上であることや、新築または取得後1年以内の登記であること等一定の要件を満たす必要があります」「登記申請に当たって、その家屋の所在する市町村等の証明書を添付する必要があります。なお、登記した後で証明書を提出しても軽減税率の適用を受けられません」とあります。
不動産担保ローンは、すでに所有している不動産を担保に入れて資金を借りる商品です。住宅を取得するための資金ではないため、この軽減税率の対象になりません。本則の0.4%で見積もってください。0.1%で計算すると、3,000万円の借入で3万円と見込んでいたものが実際は12万円になります。
印紙税は契約金額の階級で決まる

借入の契約書は、印紙税法上の第1号文書のうち「消費貸借に関する契約書」にあたります。国税庁の一覧表は「金銭借用証書、金銭消費貸借契約書など」と例示しています。税額は契約金額の階級ごとに決まっています。
| 記載された契約金額 | 印紙税額(1通または1冊につき) |
|---|---|
| 1万円未満 | 非課税 |
| 1万円以上10万円以下 | 200円 |
| 10万円を超え50万円以下 | 400円 |
| 50万円を超え100万円以下 | 1千円 |
| 100万円を超え500万円以下 | 2千円 |
| 500万円を超え1千万円以下 | 1万円 |
| 1千万円を超え5千万円以下 | 2万円 |
| 5千万円を超え1億円以下 | 6万円 |
| 1億円を超え5億円以下 | 10万円 |
| 契約金額の記載のないもの | 200円 |
軽減措置の対象外です。国税庁の一覧表には「平成26年4月1日から令和9年3月31日までの間に作成される不動産の譲渡に関する契約書のうち、契約書に記載された契約金額が一定額を超えるものについては、税率が軽減されています」という注記がありますが、これは不動産の譲渡と建設工事の請負に関する契約書の話です。消費貸借契約書は対象になりません。
借入額別に足し上げる

2つを足すと、法律で決まっている部分の総額が出ます。
| 借入額 | 登録免許税 | 印紙税 | 合計 |
|---|---|---|---|
| 500万円 | 2万円 | 2千円 | 2万2千円 |
| 1,000万円 | 4万円 | 1万円 | 5万円 |
| 3,000万円 | 12万円 | 2万円 | 14万円 |
| 5,000万円 | 20万円 | 2万円 | 22万円 |
| 1億円 | 40万円 | 6万円 | 46万円 |
印紙税は階級制なので、境目のすぐ上で借りると割に合わないことがあります。1,000万円ちょうどなら1万円、1,000万1円なら2万円です。登録免許税のほうは比例するため、借入額を絞ればそのまま減ります。「余裕をみて多めに借りる」は、税金の面では素直に高くつきます。
複数の不動産を担保に入れる場合
土地と建物、あるいは複数の物件をまとめて1つの債権の担保にすることを共同担保といいます。このとき登録免許税は物件ごとに掛かるわけではありません。登録免許税法第13条第1項は、同一の登記官署等で同時に申請する場合、これらをまとめて一の抵当権等の設定登記等とみなすと定めています。
さらに同条第2項は、最初の申請以外のものについて「財務省令で定める書類を添付して当該抵当権等の設定登記等の申請をするものに限り、当該抵当権等の設定登記等に係る不動産等に関する権利の件数一件につき千五百円とする」としています。前の登記所での登記を証明する書類を付ければ、2件目以降は1件1,500円で済む、という仕組みです。
1つの抵当権設定登記とみなされ、債権金額に0.4%を掛けた額で済みます。
財務省令で定める書類を添付すれば、1件につき1,500円。書類を付け忘れると本則で計算されます。
司法書士に依頼する場合は報酬が物件数で増えることがあります。税金と報酬は別々に確認してください。
完済したときにもかかる
返し終わって抵当権を消すときにも登録免許税がかかります。別表第一の第一号(十五)「登記の抹消」は、課税標準を不動産の個数、税率を一個につき千円と定めています。かっこ書きで「同一の申請書により二十個を超える不動産について登記の抹消を受ける場合には、申請件数一件につき二万円」という上限も置かれています。
土地1筆と建物1棟なら2個で2,000円です。手続きの中身と必要書類は不動産担保ローン完済後の抵当権抹消|必要書類・費用・手続きと抵当権抹消は自分でできる?法務局の申請書様式3-1・3-2と、そろえる順番で確認できます。
確認できなかったもの
この記事で扱ったのは、法律で金額が決まっている部分だけです。実際の見積書には、次のような項目が並びます。これらは金融機関や依頼先によって変わるため、公表された一律の金額はありません。
| 費目 | 性質 | 確認する先 |
|---|---|---|
| 事務手数料 | 金融機関が定める。定額の場合と融資額に対する率の場合がある | 各社の商品ページ・契約書 |
| 司法書士報酬 | 登記手続きの代理報酬。物件数や地域で変わる | 依頼する司法書士事務所 |
| 不動産の調査・評価費用 | 金融機関の審査に伴うもの。無料の場合もある | 各社の商品ページ |
| 登記事項証明書などの取得費用 | 通数に応じてかかる | 登記事項証明書の手数料は法務局の案内 |
| 火災保険料 | 担保物件に付保を求められる場合がある | 契約条件と保険会社 |
見積書を受け取ったら、登録免許税と印紙税の欄がこの記事の計算と合っているかを先に確かめてください。ここが合っていない見積書は、ほかの欄も疑ったほうがいいという判断材料になります。担保にできる金額の考え方は不動産の評価額は4つある|路線価8割・固定資産税評価7割の関係と、担保余力の出し方にまとめています。
よくある質問
抵当権設定の登録免許税はいくらですか?
債権金額の千分の四(0.4%)です。登録免許税法 別表第一 第一号(五)で、課税標準は「債権金額、極度金額又は不動産工事費用の予算金額」と定められています。
0.1%になることはありますか?
住宅取得資金の貸付け等に係る抵当権の設定登記であれば、租税特別措置法第75条の軽減税率(1,000分の1)が使えます。すでに所有している不動産を担保に資金を借りる不動産担保ローンは対象外です。
根抵当権でも0.4%ですか?
税率は同じ0.4%ですが、課税標準が極度金額になります。極度金額を大きく設定すると、その分だけ登録免許税も増えます。
印紙は誰が用意しますか?
印紙税は課税文書の作成者が納めるものです。契約書を何通作るかによっても総額が変わるため、契約前に通数を確認してください。
電子契約なら印紙税はかかりますか?
この記事では、電子契約における印紙税の取り扱いを国税庁の公表資料で確認できませんでした。金融機関に確認してください。
完済したら手続きしなくても大丈夫ですか?
抵当権の登記は自動では消えません。抹消登記を申請する必要があり、不動産1個につき1,000円の登録免許税がかかります。
この記事で参照した一次情報(2026年9月10日確認)
- 登録免許税法(昭和42年法律第35号)第13条、別表第一 第一号(五)(十五)/e-Gov法令検索
https://laws.e-gov.go.jp/law/342AC0000000035 - 国税庁 タックスアンサー No.7140「印紙税額の一覧表(その1)第1号文書から第4号文書まで」(令和8年4月1日現在法令等)
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7140.htm - 国税庁 タックスアンサー No.7191「登録免許税の税額表」(令和8年4月1日現在法令等)
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm










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